Seiring dengan perkembangan abad 21 peserta didik dituntut untuk memiliki kemampuan berpikir tingkat tinggi atau High Order Thinking Skills (HOTs). Pengajaran dan pembelajaran online telah menjadi kebutuhan bagi pendidikan di seluruh dunia selama pandemi Covid-19. Perubahan proses pembelajaran di masa pandemi Covid-19 yang terjadi secara tiba-tiba berdampak sangat signifikan pada berbagai aspek pembelajaran termasuk HOTs. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui efek pembelajaran online terhadap High Order Thinking Skills pada siswa biologi di kota Ternate. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif. Mendeskripsikan sejauh mana efek pembelajaran online terhadap High Order Thinking Skills. Populasi dalam penelitian ini adalah siswa biologi pada SMA Negeri di kota Ternate, Maluku Utara, Indonesia. Teknik pengambilan sampel dilakukan dengan purposive sampling. Sampel penelitian adalah siswa biologi di SMA Negeri 4 Ternate dan SMA Negeri 8 Ternate, Maluku Utara dengan jumlah 56 siswa. Penelitian dilakukan pada semester ganjil tahun Ajaran 2021/2022. Instrumen yang digunakan dalam penelitian adalah instrumen untuk mengukur High Order Thinking Skills. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa rerata total High Order Thinking Skills siswa biologi untuk level analyzing, 50.44; level evaluating 45.38; level creating 41.16. Hal ini mengindikasikan bahwa masih diperlukan upaya yang lebih agar peserta didik dapat memiliki kemampuan HOTs yang memadai.